Madrasah Tsanawiyah (MTs) Pondok Pesantren Jabal An-Nur Al Islami merupakan jenjang pendidikan formal yang dirancang untuk membentuk generasi berilmu, berakhlak, dan berdaya saing. MTs mengintegrasikan kurikulum KMI enam tahun serta kurikulum Kementerian Agama terakreditasi B dalam sistem terpadu. Pendidikan dilaksanakan secara sistematis dengan keseimbangan antara ilmu agama dan ilmu umum secara proporsional dan berkelanjutan.

Proses pembelajaran formal dilaksanakan pada pagi dan sore hari dengan jadwal terstruktur dan disiplin. Kegiatan belajar mengajar pagi berlangsung pukul 07.00–12.00, dilanjutkan pembelajaran sore untuk pendalaman materi. Sistem ini bertujuan memperkuat pemahaman akademik sekaligus membiasakan santri hidup tertib, fokus, serta bertanggung jawab dalam mengelola waktu dan kewajiban belajar.

Pada malam hari, santri mengikuti pembelajaran tambahan berupa pengajian kitab kuning, tahsin, tahfidz, dan penguatan materi pelajaran. Kegiatan ini menjadi ciri khas pendidikan pesantren yang tidak hanya mengejar nilai akademik, tetapi juga pendalaman spiritual. Suasana belajar malam yang kondusif membantu santri meningkatkan konsentrasi, kemandirian, serta kedekatan dengan nilai-nilai Al-Qur’an dan Sunnah.

MTs Jabal An-Nur Al Islami juga menerapkan sistem tiga bahasa, yaitu Bahasa Arab, Bahasa Inggris, dan Bahasa Indonesia dalam aktivitas pembelajaran dan komunikasi. Pendekatan ini membentuk santri yang percaya diri serta memiliki wawasan global. Dengan pembinaan intensif dari para asatidz dan guru profesional, santri diarahkan menjadi pribadi Qur’ani yang cerdas dan kompetitif.

Melalui integrasi pendidikan formal, pembinaan karakter, dan kegiatan non formal seperti pidato tiga bahasa, hadroh, serta organisasi, MTs Jabal An-Nur Al Islami menghadirkan pendidikan yang utuh. Lulusan MTs tidak hanya siap melanjutkan ke jenjang MA dan KMI, tetapi juga memiliki fondasi iman, ilmu, serta keterampilan sebagai bekal masa depan.